Fragen, die sich bei der Überwachung und Bewirtschaftung von oberirdischen Fließgewässern mit einem großen Einzugsgebiet ergeben, können nur durch eine übergreifende Betrachtung und eine enge Zusammenarbeit aller Anrainerländer behandelt und gelöst werden. Durch die WRRL wurde eine Neustrukturierung der Überwachungsprogramme notwendig. Erstmals gibt es für die gesamte EU einheitliche Kriterien für die Untersuchung und Einstufung von Gewässern sowie die zu erreichenden Ziele. Die Koordinierung der Untersuchungsprogramme erfolgt seit Inkrafttreten der WRRL durch die FGG Elbe. Mit der Abstimmung der Überwachung an ausgewählten Überblicksmessstellen wird eine einheitliche Sicht auf den gesamten deutschen Elbestrom und seine wichtigsten Nebenflüsse ermöglicht.