Der Anteil Bayerns an der Flussgebietseinheit Elbe ist mit einer Fläche von 1.971 km² sehr klein. Die bayrischen Anteile in der Flussgebietseinheit Elbe, die nicht zu einem Koordinierungsraum (z. B. Saale) gehören, wurden keinem Koordinierungsraum zugeordnet (Eger, Beraun und Moldau).

Der Nordosten Bayerns wird von den waldreichen Landschaften der Naturräume Thüringisch-Fränkisches Mittelgebirge und Oberpfälzer Wald geprägt.

Grundwasser, Untergrund und Säureeintrag aus der Luft

Im Planungsraum Saale-Eger sind die Grundwasserleiter (Kluftgrundwasserleiter) in den Festgesteinen des kristallinen Gebirges nur mäßig ergiebig und verfügen über ein geringes Speichervermögen. Mit Ausnahme von zwei Marmorzüge im zentralen Fichtelgebirge, die Wasserentnahmen bis zu 100 l/s erlauben, beträgt die Ergiebigkeit der Kluftgrundwasserleiter max. 6 l/s.

Da der kalkarme Untergrund in großen Teilen des Fichtelgebirges und des Frankenwaldes die Säureeinträge aus der Luft nicht ausreichend abpuffern kann, sind die Quellbäche der Gewässer in diesen Bereichen zum Teil erheblich versauert.
Die Auswirkung säurebildender Einträge wird regelmäßig und langfristig überwacht und dokumentiert. Die wichtigste Maßnahme der Versauerung entgegenzuwirken, ist die Reduktion der säurebildenden Einträge aus Verkehr und Landwirtschaft.