Eine weitere wasserbezogene Nutzung im Planungsraum Saale-Eger ist neben dem Tourismus und der Trinkwassergewinnung die Teichwirtschaft.
Eine Besonderheit war die bis zum Beginn des 20. Jahrhunderts im Bereich des Dreiländerecks „Böhmen – Bayern – Sachsen“ ausgeübte Perlfischerei.
Die Flussperlmuschel ist heute in der "Roten Liste der gefährdeten Tierarten" in die Kategorie 1 eingestuft, d.h. sie ist stark vom Aussterben bedroht. In grenzüberschreitender Kooperation sowie in Zusammenarbeit mit Gemeinden und Landwirten wird versucht, die verbliebenen Bestände zu retten.