Fragen, die sich bei der Überwachung und Bewirtschaftung von oberirdischen Fließgewässern mit einem großen Einzugsgebiet ergeben, können nur durch eine übergreifende Betrachtung und eine enge Zusammenarbeit aller Anrainerländer behandelt und gelöst werden. Durch die WRRL wurde eine Neustrukturierung der Überwachungsprogramme notwendig. Die Koordinierung der Programme erfolgt seit Inkrafttreten der WRRL durch die FGG Elbe. Mit der Abstimmung der Überwachung an ausgewählten Überblicksmessstellen (vgl. auch Bericht der FGG Elbe zum Überwachungsprogramm nach Artikel 8 WRRL) wird eine einheitliche Sicht auf den gesamten deutschen Elbestrom und seine wichtigsten Nebenflüsse ermöglicht.

Als Grundlage für die Aufstellung der jährlichen Messprogramme (seit 2012 als KEMP - koordiniertes Elbemessprogramm - bezeichnet) dient das Strategiepapier zur "Koordinierung der Überwachung an ausgewählten Überblicksmessstellen für Oberflächenwasserkörper des deutschen Elbestroms und bedeutender Nebenflüsse". Nachfolgend sind die Elbemessprogramme seit Inkfrafttreten der WRRL - vor 2009 durch die ARGE Elbe erstellt - dokumentiert. Die Messdaten aus den jährlichen Elbemessprogrammen sind auch für weiter zurückliegende Jahre im Fachinformationssystem (FIS) der FGG Elbe dargestellt.

Als wichtiger Bestandteil der Messstrategien in der FGG Elbe wurde zusätzlich für die Erhebung von Monitoringdaten bei extremen hydrologischen Ereignissen ein separates Messprogramm aufgestellt, das bei extremen Hochwasser- oder Niedrigwassersituationen Anwendung findet (Messprogramm Extremereignisse).