Seit den 1950er Jahren stehen die Flutungspolder und die Wehrgruppe Quitzöbel an der Havelmündung für eine Kappung des Hochwasserscheitels der Elbe zur Entlastung der Gebiete an der Unteren Mittelelbe bereit. Eingesetzt zum Hochwasserrückhalt wurden die insgesamt sechs Polder und die Havelniederung bei den extremen Elbhochwassern in den Jahren 2002 und 2013.
Für den Fall eines gefahrbringenden Hochwassers in der Elbe prüfen die Mitglieder der Koordinierungsstelle den Einsatz der Havelpolder durch Öffnung des Wehrs Neuwerben auf Grundlage des gemeinsamen Staatsvertrags der Länder Brandenburg, Sachsen-Anhalt, Mecklenburg-Vorpommern, Niedersachsen und der Bundesrepublik Deutschland vertreten durch die Wasserstraßen- und Schifffahrtsverwaltung von 2008.
Aufgrund der verheerenden Auswirkungen des Elbe-Hochwassers 2013 ist im Jahr 2015 eine Verbundmaßnahme zur “Optimierung der Nutzung der Havelpolder und des Stauregimes von Havel und Spree als Hochwasserrückhalteraum” als länderübergreifendes Projekt des Nationalen Hochwasserschutzprogramms (NHWSP) an der Unteren Havel initiiert worden. Grundlegende Informationen zur Flutung der Havelpolder und die Ergebnisse des NHWSP-Projektes sind hier veröffentlicht.